Rodiansyah, Achmad. 2019. Identifikasi Bakteri Penghasil Hormon Indole Acetic Acid (IAA) Di Ranu Pani dan Bakteri Pelarut Fosfat Di Ranu Grati menggunakan Sekuen Gen 16S rRNA. Skripsi, Program Studi Biologi, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Malang. Pembimbing: (I) Sitoresmi Prabaningtyas, S.Si., M.Si., (II) Dwi Listyorini, M.Si., D.Sc.
Kata kunci: Bakteri, Indole Acetic Acid (IAA), Pelarut Fosfat, 16S rRNA
Isolat bakteri PIS dari Ranu Pani memiliki potensi menghasilkan hormon Indole Acetic Acid (IAA) tertinggi dan isolat bakteri GPS dari Ranu Grati memiliki potensi untuk melarutkan fosfat tertinggi namun, keduanya belum teridentifikasi. Identifikasi sangat penting untuk konservasi, mempelajari regulasi dan peranannya dalam lingkungan untuk mengatasi masalah lingkungan, kesehatan, pangan dan keperluan industri. Tujuan penelitian ini adalah mengidentifikasi isolat bakteri PIS dan isolat bakteri GPS menggunakan gen 16S rRNA. Hasil penelitian ini dapat digunakan untuk penelitian berikutnya yaitu pengembangan konsorsium bakteri untuk mempercepat pertumbuhan mikroalga sebagai penelitian dasar pengembangan biofuel berbasis mikroalga.
Penelitian ini menggunakan pendekatan deskriptif eksploratif yang bertujuan untuk mengidentifikasi serta menganalisis hubungan kekerabatan bakteri yang memiliki potensi menghasilkan hormon IAA tertinggi di Ranu Pani, Kabupaten Lumajang dan bakteri pelarut fosfat tertinggi di Ranu Grati, Kabupaten Pasuruan berdasarkan sekuen 16S rRNA. Prosedur penelitian yang dilakukan adalah pengkulturan isolat bakteri yang kemudian dilanjutkan dengan isolasi genom DNA (gDNA). Hasil isolasi DNA diukur konsentrasi dan kemurniannya kemudian dilanjutkan dengan tahapan amplifikasi menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil PCR selanjutnya dicek menggunakan gel elektroforesis untuk melihat gen target. Hasil PCR yang sesuai dengan gen target disekuensing untuk mengetahui urutan basanya.
Hasil isolasi gDNA didapatkan bahwa sampel PIS memiliki konsentrasi DNA sebesar 231,5 ng/µL dan sampel GPS sebesar 65,7 ng/µL dengan nilai kemurnian sebesar 1,9 pada kedua sampel. Visualisasi hasil PCR gen 16S rRNA diperoleh gen yang sesuai pada gel elektroforesis 1% yang kemudian disekuensing. Hasil analisis contig pada hasil sekuensing didapatkan bahwa sampel PIS memiliki panjang gen 1431 bp dan sampel GPS memiliki panjang gen 1423 bp. Kedua sekuen hasil contig setelah dilakukan Basic Local Aligment Search Tool (BLAST) merupakan gen 16S rRNA dengan nilai similaritas dan query cover yang tinggi. Hasil rekonstruksi pohon filogenetik dan analisis jarak genetik diperoleh bahwa sampel PIS diduga Bacillus paramycoides (similaritas: 99,9%) dan sampel GPS adalah anggota genus Enterobacter (similaritas: 91,4%) yang berkerabat dekat dengan Enterobacter xiangfangensis. Pendekatan genomik dan pendekskripsian fenotip lebih lanjut perlu dilakukan untuk menentukan spesies yang dapat dipercaya.