Pelaksanaan penjaminan mutu di Universitas Negeri Malang dilakukan oleh Satuan Penjaminan Mutu (SPM) yang mengacu pada Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 30 Tahun 2012 tentang Organisasi dan Tata Kelola UM dengan tugas melaksanakan urusan penjaminan mutu pendidikan, penelitian, dan pengabdian kepada masyarakat. Adapun struktur organisasi SPM terdiri atas Ketua, subbagian tata usaha, dan kelompok jabatan fungsional/tenaga teknis. Pada tingkat fakultas, penjaminan mutu dilakukan oleh Unit Penjaminan Mutu (UPM) dan pada tingkat jurusan dilakukan oleh Gugus Penjaminan Mutu (GPM) dimana keduanya bertindak sebagai partner pimpinan fakultas/jurusan dalam pelaksanaan penjaminan mutu bidang akademik.

Sesuai dengan Pemenristekdikti Nomor 62 Tahun 2016 pasal 3 dimana Sistem Penjaminan Mutu Pendidikan Tinggi terdiri atas Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) dan Sistem Penjaminan Mutu Eksternal (SPME) atau akreditasi. SPMI adalah kegiatan sistemik penjaminan mutu pendidikan tinggi oleh setiap perguruan tinggi secara otonom untuk mengendalikan dan meningkatkan penyelenggaraan pendidikan tinggi secara berencana dan berkelanjutan. SPMI direncanakan, dilaksanakan, dievaluasi, dikendalikan dan dikembangkan oleh perguruan tinggi melalui siklus Perencanaan, pelaksanaan, Evaluasi, pengendalian, Peningkatan (PPEPP).

SPMI ini diimplementasikan pada semua bidang kegiatan baik secara akademik dan non-akademik. Standar Penjaminan Mutu Eksternal (SPME) bagi prodi-prodi di FMIPA adalah kegiatan penilaian melalui akreditasi dan sertifikasi untuk menentukan kelayakan dan tingkat pencapaian mutu program studi dan perguruan tinggi. FMIPA telah melakukan SPME melalui akreditasi nasional dari BAN-PT (Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi), ISO (International Organization for Standardization), dan sertifikasi AUN-QA (Asean University Network-Quality Assurance). Akreditasi BAN-PT dilakukan secara berkala setiap lima tahun dengan nilai A (Unggul) untuk prodi Pendidikan Biologi dan Biologi. Pengelolaan FMIPA dan prodi-prodi di FMIPA telah mendapatkan pengakuan ISO 9001:2015 dan ISO 17025:2017.

Sistem manajemen mutu FMIPA telah terakreditasi ISO 9001:2015 dimana seluruh program yang dilaksanakan berfokus pada pelanggan (mahasiswa) dengan memahami kebutuhan mahasiswa dan meningkatkan kepuasan mahasiswa. Laboratorium Penguji Mineral dan Material Maju FMIPA UM telah terstandarisasi ISO 17025: 2017 yang ditetapkan tanggal 22 April 2020 dengan nomor LP-1398-IDN sebagai Laboratorium Pengujian dan Laboratorium Kalibrasi dengan sertifikat ISO 17025:2017. Selain itu, Program Studi Biologi juga telah tersertifikasi AUN-QA (Asean University Network-Quality Assurance).
Proses penjaminan mutu ditunjang juga oleh sistem informasi yang telah dikembangkan universitas yaitu:

* Link hanya bisa diakses dari akun UM